Amikor az Enterprise legénységét hazahívják, kiderül, hogy egy a szervezeten belülről jövő megállíthatatlan erő felrobbantotta a flottát, és mindent, amit a flotta képviselt, és ezzel a világunkat válságba sodorta. Kirk kapitánynak személyes elszámolnivalója is van, elindítja az embervadászatot a háborús zónába, hogy elkapja az embert, aki maga egy tömegpusztító fegyver. Miközben hőseinket beszippantja az élet és halál világméretű sakkjátszmája, szerelmek kerülnek veszélybe, barátságok szakadnak szét, és áldozatokat kell hozni az egyetlen családért, ami Kirknek maradt, azaz a legénységért.